莞惠线和佛肇线搭载了卡斯柯ctc信号系统，并顺利接入卡斯柯新建珠三角城际轨道交通ctc调度中心。
与此同时，莞惠线采用了卡斯柯c2 ato信号系统，标志着卡斯柯高铁车载设备实现了运营业绩“零”的突破。该系统在ctcs-2级列控系统的基础上新增了列车自动驾驶系统（ato），具备站间自动运行、车站定点停车、列车运行自动调整、车门与屏蔽门防护联动控制等功能，开创了高铁和地铁相结合的新型模式，进一步提升了运行效率和行车安全。
莞惠、佛肇线的设计最高时速均达到200公里/小时，高峰时段发车间隔更是有望缩短至2-3分钟，实现“公交化”运营。自此，四座起讫城市之间，以及惠州、肇庆与广州之间的通勤时长将大大缩短，这对于发挥和加大广州作为中心城市的辐射作用、珠三角城市群的集聚作用都具有积极影响，将有助于在惠州、肇庆及珠三角城际轨道交通网络沿线各市、县进一步建立“轨道＋商圈”的产业模式，促进相关地区的快速、协同发展。
